L'autore Antoine de Saint-Exuperì è anche il protagonista del suo libro; la storia non comincia subito, prima c'è una prefazione nella quale l'autore spiega perché i suoi disegni non sono belli e fatti bene: lui da piccolo aveva la passione di disengare serpenti (normali o che avevano mangiato un elefante), ma, in ogni modo presentasse i suoi disegni i più grandi gli dicevano che aveva rappresentato un cappello. Ma ora, passiamo alla storia vera:
Antoine fu costretto ad atterrare nel bel mezzo del deserto del Sahara per colpa di un guasto subito dal suo aereoplano, e, dato che era solo, soltanto lui poteva cercare di riparare il guasto. Dopo la prima notte, mentre era intento nei propri fatti sentii una vocina dietro di lui che gli chiese di disegnargli una pecora. Questo fu il primo incontro tra il Piccolo Principe e Antoine. Il giovane fece dannare lì er lì l'uomo con la sua insistenza di avere una buona pecora ed evitando sempre gli interrogativi del pilota, ma alla fine tutto si risolse quando Antoine disegnò una cassa: là dentro c'era la pecora per il Piccolo Principe.
Durante il periodo in cui si frequentarono, l'uomo ebbe l'opportunità di scoprire piano piano qualcosa di più sul piccolo forestiero: lui veniva da un piccolo pianeta lontano sul quale aveva tre piccoli vulcani, una sedia per guardare i tramonti e poi un fiore che decise di proteggere sotto una campana di vetro; il ragazzo passava le giornate a guardare un'infinità di tramonti quando era triste, sennò puliva il pianeta dagli arbusti dei Baobab e ; il rapporto tra il giovane e la pianta era piuttosto amaro ma il Principe soddisfaceva sempre ogni richiesta del suo piccolo amico fino a quando un giorno decise di andare via. (Qui si apre una parentesi fatta dall'autore in cui identifica l'asteroide su cui abitava il suo nuovo amico). Il Piccolo Principe viaggerà per vari asteroidi conoscendo persone di vario genere che (secondo me) dovrebbero impersonare "le parti brutte dell'umanità", infatti incontra un superbo Re che subito lo prende come suo sottoposto, un geografo che lo vuole costringere a viaggiare, un vanitoso che voleva solamente esser applaudito e gratificato, un uomo che conta le stelle per possederle senza godersi niente della vita, un ubriacone che beve per dimenticare di bere ed un poveraccio che è costretto ad accendere e spegnere un lumino sul suo pianeta ogni due minuti. Anche se questi personaggi non dovessero personificare i lati brutti dell'uomo, sicuramente possono essere d'insegnamento a tutti.
A questo punto del viaggio il Piccolo Principe finalmente giunge sulla grandissima Terra, sulla quale viene a conoscenza di un serpente, che gli disse che era potentissimo e lo avrebbe potuto portare molto lontano, affermando che ogni persona che lui tocca torno alla terra dalla quale è venuto. Ma al giovane interessava solo sapere dove fossero gli uomini, così continuò a girovagare; si imbattè in un fiore ed in seguito nell'eco che servirono solo a confodergli le idee; finalmente arrivò ad un giardino di rose dove rimase molto deluso perché erano uguali al suo fiore, e pianse perché credeva di non essere importante. E mentre piangeva, conobbe la volpe; essa gli chiese di addomesticarla e così il Piccolo Principe ci provò fino a che riuscì nel suo intento e vide che la volpe pianse al momento in cui doveva andarsene via e gli disse una bella frase "l'essenziale è invisibile agli occhi", così che gli spiegò che la sua rosa è più speciale di tutte le altre che aveva visto perché le aveva dedicato tanto tempo.
In seguito il giovane si imbattè in un controllore a cui ebbe lui l'occasione di insegnare qualcosa della vita ricordandogli che gli unici che godono la vita sono i bambini per il loro modo di comportarsi e attaccarsi alle cose volendogli bene e dandogli importanza. Ebbe anche un "enigmatico" incontro con un venditore che vendeva pillole per calmare la sete (a scopo di risparmiare poco meno di un ora alla settimana); il Principe lasciò l'uomo sconcertato rivelandogli che in quell'ora lui avrebbe camminato adagio verso una fontana.
Così il racconto torna ai due: al Principe e al protagonista che si incamminano alla ricerca di un pozzo. In questo pezzo l'autore paragona il giovane ad un fiore dato che necessita solo di acqua e sole. In quella situazione l'uomo si avvicinò molto al piccolo capendone l'effetiva fragilità, e iniziando a volergli realmente bene.
Raggiunsero un pozzo dove riuscirono ad abbeverarsi. Lì il giovane rivelò ad Antoine che gli uomini si prendono cura di 5000 rose senza trovare quello che cercano; e quello che cercano potrebbe essere trovato in un'unica rosa, però era fondamentale cercare con il CUORE. Al giovane tornò in mente anche che l'aviatore doveva ancora disegnare una museruola alla sua pecora poiché non voleva che brucasse il suo adorato fiore. In quell'occasione l'uomo scoprì che il suo nuovo amico si trovava lì poiché quello era il luogo dove era caduto sulla Terra, e in quel periodo ricorreva anche l'anniversario di quell'avvenimento. Il giovane arrossì soltanto dicendogli di raggiungerlo domani: Antoine doveva tornare a riparare il motore.
Al suo ritorno l'indomani Antoine vide il Piccolo Principe seduto su in muro lamentarsi con chissà chi del fatto che il giorno era giusto, ma il luogo non lo era; avvicinandosi l'uomo scoprì che parlava con il serpente conosciuto un anno prima; il giovane assicurò al rettile anche che quella sera sera si sarebbe fatto trovare al posto giusto, ma la cosa che colpì molto Antoine fu che si assicurò che il veleno del serpente non lo facesse soffrire. L'uomo preoccupato si prese cura del Principe scoprendo che come lui (dato che aveva riparato il motore), sarebbe tornato a casa; Antoine si sentiva sfuggire il ragazzo in un baratro di tristezza, e tutti i suoi tentativi per risollevarlo risultarono inutili. L'ultimo discorso tra i due spezza letteralmente il cuore tanta è la tristezza e la dolcezza che provocano le parole proferite da Antoine e dal giovane. Quella sera Antoine decise di stare insieme al Principe che gli disse di non aver paura: il suo corpo sarebbe morto, ma la sua mente no; il viaggio era troppo lungo e faticoso per portarsi appresso il corpo. E così, il Piccolo Principe iniziò il suo lungo viaggio verso il piccolo asteroide che tanto amava.
Nell'ultimo capitolo Antoine fa vari riflessioni sul suo Piccolo amico che ormai è un ricordo lontano di sei anni; e afferma di non esser mai riuscito a trovare il corpo del giovane.